F.C.Porto

Em Janeiro de 2002, é escolhido para substituir Octávio Machado no comando técnico do F.C.Porto. Concluiu a época em terceiro lugar, conseguindo um total de 11 vitórias, 2 empates e 2 derrotas, tendo saído com ele, da União de Leiria, o jogador Derlei.

Mourinho promete com invulgar certeza o título na época seguinte pelo F.C.Porto.

Mourinho rapidamente identifica os jogadores-chave: Vítor Baía, Ricardo Carvalho, Jorge Costa, Costinha, Deco, Dimitri Alenichev e Postiga. A esta espinha dorsal juntam-se, entre outros, Maniche e Edgaras Jankaukas (Benfica), Paulo Ferreira (Vitória de Setubal), Nuno Valente e Derlei (ambos da União de Leiria). Com o rigor táctico e a determinação de Mourinho o Porto cresce em Portugal assim como na Europa. Em dois anos venceram duas competições europeias e as duas Superligas.

Em 2003, Mourinho ganha o primeiro campeonato português com 27 vitórias, 5 empates e 2 derrotas, vence a Taça de Portugal (contra o seu anterior clube, União Leiria) e conquista a Taça UEFA (contra o Celtic Fotball Club).

No ano seguinte, o FC Porto conseguiu ganhar mais uma vez a Superliga, agora com 8 pontos de vantagem. Perde na final da Taça de Portugal contra o rival SL Benfica, depois de ter triunfado na mais alta prova da UEFA, a Liga dos Campeões da Europa, derrotando o AS Monaco (3-0). Em toda a prova o FC Porto de Mourinho só perdeu com o Real Madrid na primeira fase de Grupos e eliminou depois o Manchester United, Olympique Lyonnais e o Deportivo La Coruña.